Les registres vitivinicoles tiennent lieu de comptabilité matières : leur contrôle relève des douanes (DGDDI), tandis que la DGCCRF veille à la loyauté des mentions et de l'étiquetage.
L'administration commence rarement par sanctionner : elle peut d'abord exiger une régularisation. Mais si la traçabilité est compromise, elle peut imposer le repli, le déclassement ou la destruction des lots, et, en cas de manquements graves ou répétés, retirer la qualité d'entrepositaire agréé, c'est-à-dire votre droit même à produire, détenir, commercialiser et à faire circuler les produits soumis à l’accise (vins, vin mousseux…) en suspension de droits.
Lorsque la mauvaise tenue des registres est délibérée, l’opérateur s’expose à de lourdes sanctions pénales relevant du Code de la consommation.
S'y ajoutent souvent des peines complémentaires : interdiction d'exercer, confiscation des marchandises, affichage de la décision.